Episode 1. La Grande Evasion.

Michael Scofield, le visage pensif, attend patiemment que la tatoueuse, Sid, termine le tatouage sur son bras. Celle-ci lui fait remarquer que la plupart des gens mettent des années avant d'arriver à en avoir autant sur le corps mais Michael lui répond qu'il n'en a pas le temps.

Quelques heures plus tard, Michael arrive dans son appartement et commence à détruire un nombre impressionnant de documents recouvrant presque intégralement le pan d'un mur. Photos, plan de bâtiment et série d'articles de journaux concernant entre autre la prochaine exécution de Lincoln Burrows sont arrachés et le disque dur de son PC détruit.

Le lendemain, Michael est en train de braquer une banque.
Il « discute » avec la caissière afin qu'elle lui ouvre le coffre-fort mais elle lui fait remarquer qu'il a déjà un demi million de dollars dans son sac et qu'il ferait mieux de penser à s'enfuir... Les sirènes de police retentissent alors et avant même que les policiers n'investissent la banque, Michael lève les bras, un sourire sur les lèvres, et dépose docilement ses armes.
Lors de son procès, Michael reconnaît les faits en dépit des conseils de son avocate et des avertissements du juge qui n'aura alors d'autre choix que de le condamner. La séance suspendue, Michael croise son neveu, LJ, venu assister à l'audience. Pendant son retour en cellule, Véronica Donovan, son avocate lui demande les raisons de son obstination mais Michael reste silencieux.
De retour au tribunal, Scofield est finalement condamné à cinq ans de prison. Le juge accepte cependant, sa demande, de le faire incarcérer à Fox River, un établissement de haute sécurité mais proche de Chicago, son ancienne ville de résidence. La sentence étant applicable de suite, Michael est transféré à la prison. A son arrivée, on lui fait remplir une fiche et Scofield précise qu'il est diabétique de type 1. Désireux de passer inaperçu, il se fait pourtant rapidement remarquer par le surveillant en chef, Bellick.

Derrière les barreaux de sa cellule, Michael observe ses « voisins ». Un groupe de prisonniers fait son entrée et Scofield est interpellé par un homme qui lui fait remarquer qu'il est beaucoup trop « mignon » pour être en prison. Dans la seconde qui suit, un autre prisonnier reçoit un coup de couteau et s'effondre sous les cris des détenus.
« Bienvenu à Prison-Land, Bleu. » lui dit alors Sucre, son compagnon de cellule.

Le lendemain, de sortie dans la cour, Sucre explique succinctement à Michael les différents "gangs" qui règnent dans la prison et ce dernier pose quelques questions sur un prisonnier surnommé DB Cooper. L'air de rien, Michael observe avec attention divers endroits, les téléphones, bouches d'incendie, un local à l'extérieur de la cour, puis, le plus discrètement possible il laisse tomber un magazine dans une des plaques d'égouts. Il demande ensuite où il peut trouver Lincoln Burrows, l'assassin du frère du Vice-Président, destiné à passer dans un mois sur la chaise électrique. Michael le découvre un peu à l'écart dans une cour indépendante et Sucre lui explique que le seul moyen pour lui parler, serait de le croiser à la chapelle ou à l'IP (industrie pénitentiaire, regroupant des détenus qui effectuent les travaux de réfection de la prison). Il lui précise cependant qu'il n'a aucune chance d'intégrer l'IP parce qu'elle est gérée par le célèbre mafieux John Abruzzi. Sucre finit par demander à Michael pourquoi il tient tant à rencontrer Linc « L'évier » et Michael lui répond qu'il est son frère.

De retour dans sa cellule, Michael repense à l'une des dernières visites faites à Burrows avant le braquage :
Le dernier appel en justice de Linc vient d'être rejeté. Celui-ci ne cesse pourtant de clamer son innocence mais Michael lui rétorque que toutes les preuves sont contre lui. Lincoln lui jure alors n'avait pas tué le frère du Vice-Président et lui dit qu'il s'agit d'un coup monté.
Interrompant ses pensées, Sucre demande des conseils à Michael sur la meilleure façon de rédiger par lettre une demande en mariage, car il souhaite épouser sa petite amie.

Pendant ce temps, LJ, le neveu de Michael, retrouve un dealer dans une ruelle, lui achète un gros paquet d'herbe... et se fait arrêter quelques secondes plus tard.A Fox river, Michael va trouver Abruzzi pour tenter de se faire embaucher à l'IP. Le mafieux refuse mais Scofield ne perd pas courage et dépose près de lui un canard en papier (origami). Amusé, Abruzzi ne semble pourtant pas convaincu. Michael lui fait alors comprendre qu'il pourrait avoir quelque chose d'autre à lui proposer mais préfère s'éloigner en voyant les "gars" d'Abruzzi se lever.
Il se rend ensuite à l'infirmerie où il rencontre le docteur Sara Tancredi, fille du Gouverneur, avec laquelle il tente de dialoguer. Il profite d'une courte absence de la jeune femme pour déposer un canard en papier dans une grille d'évacuation.

Dans un bâtiment des Services secrets, deux agents parlent d'un évêque nommé Mc Morrow susceptible d'empêcher l'exécution de Lincoln en exerçant son influence auprès de son ami le Gouverneur. L'un des agents suggère alors une "petite" visite à l'évêque. Apparemment, ils ne semblent pas tenir à la survie de Lincoln.

Lors de la messe quotidienne à la chapelle de Fox river, Michael se retrouve face à son frère pour la première fois. Partagé entre la colère et l'incrédulité, Linc lui demande ce qu'il fait ici et Scofield lui explique les raisons de sa présence et que, en tant que concepteur des plans de la prison, tout lui est possible.

Dans la journée, Veronica, l'avocate et amie de Michael, tente avec l'aide de son fiancé, Sebastian, de choisir un faire-part pour leur mariage. Comme la jeune femme semble perpétuellement insatisfaite, Sebastien pense qu'elle doute et n'a peut-être pas envie de se marier. Elle hésite mais finit par le rassurer.

Un peu plus tard, Michael est introduit dans le bureau de Henry Pope, le directeur de la prison. Celui-ci, ayant découvert que Michael était ingénieur en génie civil, lui propose de finir la construction d'une maquette, réplique du Taj Mahal, qu'il compte offrir à sa femme. Ce travail lui permettrait de passer trois jours par semaine hors de la cour mais contre toute attente, Michael refuse.

Dans la cuisine familiale, LJ se voit obligé d'écouter la leçon de moral de sa mère concernant son comportement « rebelle ». Elle lui annonce qu'elle se voit contrainte de l'emmener voir son père afin qu'il lui remette les idées en place. A cette perspective, LJ ne semble guère emballé...

C'est l'heure des visites à Fox river. Véronica rencontre Michael et lui demande de nouveau pourquoi il a tout fait pour se retrouver en prison. Elle a parfaitement compris qu'il voulait rejoindre son frère afin de le sauver mais elle ignore toujours comment il compte s'y prendre. Fort des sentiments particuliers bien que passés de Veronica pour Lincoln, Michael demande à la jeune femme d'aider son frère en trouvant qui l'a piégé. Mais elle ne croit pas à la thèse du coup monté. Sa seule démarche sera de faire appel à l'évêque Mc Morrow.

Les deux agents des services secrets se trouvent justement en compagnie de l'évêque et insistent lourdement pour que celui-ci n'intervienne pas dans l'affaire Burrows. Devant le refus de Mc Morrow, ils menacent de le "faire tomber" pour détournement d'argent mais l'évêque reste sur ses positions. Les agents repartent.

Dans la cour de Fox River, Abruzzi est en communication téléphonique avec l'un de ses anciens "associés". Celui-ci lui explique qu'il a reçu une enveloppe contenant des photos d'un certain Fibanacci et que celui-ci semble faire partie du programme de protection des témoins. L'associé précise qu'il ignore qui a envoyé les photos mais note la présence d'un canard en papier dans l'enveloppe. Abruzzi parait très intéressé.

Au même moment, Michael flâne dans la cour. Son regard glisse vers la bouche d'égout où quelques jours auparavant il avait fait tomber le magazine. Celui-ci, placé contre la grille forme une sorte de rempart, empêchant tout objet de s'échapper. Scofield découvre alors l'un de ses canards en papier parmi les détritus entassés. L'infirmerie et la cour sont bel et bien reliées par ce conduit.

Après cette petite inspection, Michael rejoint Charles Wesmorland, un détenu d'une cinquantaine d'années, assis à l'écart et tenant une chatte prénommée Marilyn dans ses bras. Scofield laisse entendre qu'il connaît sa véritable identité : "DB Cooper", célèbre pour avoir voler 1,5 millions de dollars, non retrouvés à ce jour. Bien sûr, Wesmorland nie.
Ils sont soudain interrompus par l'arrivée d'Abruzzi, qui veut savoir comment trouver Fibanacci. Mais Michael refuse de lui donner l'information s'il n'est pas intégré à l'IP. Le ton monte, une bagarre éclate et Scofield est convoqué dans le bureau du Directeur. Le jeune homme risque de passer 90 jours au trou, aussi, afin d'éviter cette sanction, Michael reconsidère la proposition de Pope et accepte de l'aider à construire la maquette du temple.

Un peu plus tard, Veronica apprend que l'évêque Mc Morrow a été assassiné. Elle comprend alors que Michael avait raison et que Lincoln a bel et bien été piégé.

A Fox River, Lincoln est appelé pour une visite. Il s'agit de son ex-femme Lisa et de leur fils, LJ. La jeune femme lui explique les raisons de leur présence ici, espérant qu'un conseil paternel puisse ramener l'adolescent dans le droit chemin. Hélas la rencontre se passe mal et LJ lance à son père qu'il le considère comme déjà mort.
De son côté, Sucre reçoit la visite son amie qui accepte de l'épouser. Il découvre qu'elle a été conduite à la prison par un certain Hector, ce qui le met aussitôt en colère. Elle tente de le rassurer et lui rappelle qu'ils se marient dans 16 mois.

Pendant ce temps, Michael fait sa visite quotidienne à l'infirmerie afin de recevoir sa dose d'insuline, mais le Docteur a trouvé une anomalie dans ses analyses qui laisserait penser que Michael n'est pas diabétique. Elle veut s'en assurer et lui fera passer des tests lors de sa prochaine visite.
Scofield entre alors en contact avec « la pharmacie du coin », un détenu capable de trouver n'importe quel médicament. Il lui demande du Fugnac, un bloqueur d'insuline. C-note accepte de lui procurer ça dès que possible.

De retour en cellule, Michael reçoit enfin sa carte lui donnant accès à l'IP.Lors de ses heures à l'IP, Michael rencontre son frère qui y travaille également et lui explique en parti son plan d'évasion. Il lui fait comprendre qu'il compte se servir de Westmorland et de son argent pour vivre une fois libres et d'Abruzzi pour pouvoir disparaître. Lincoln lui demande alors comment il compte les faire sortir de Fox River et Michael lui montre le tatouage qu'il a sur le torse. Tatouage qui représente, quand on le regarde de près, un plan détaillé de la prison...